顯微鏡的類型有許多。最常見的（和第一個被發明的）是光學顯微鏡，主要的顯微鏡類型包括電子顯微鏡、掃描探針顯微鏡等。其他尚有像紫外線顯微鏡、X光顯微鏡、場離子顯微鏡等，僅用于較專門需要而開發的，少量生產的特種用途顯微鏡。

光學顯微鏡

利用透鏡放大物像送到眼睛或成像儀器，分辨率大約為一微米，可以看到細胞大小的物品。一般來說顯微鏡大都是指光學顯微鏡，光學顯微鏡依設計的不同，又可分為正立顯微鏡、倒立顯微鏡（又稱倒置顯微鏡）和解剖顯微鏡（又稱實體顯微鏡或立體顯微鏡）；又有偏光顯微鏡：又稱為巖石顯微鏡、礦物顯微鏡或金屬顯微鏡，用以觀察巖石、礦物及金屬表面，是利用光的不同性質（偏光）而做成的；相襯顯微鏡：觀察變形蟲、草履蟲等透明生物時，所使用的顯微鏡。它的特殊裝置可以將光透過生物體所產生的偏差，改變為明暗不同；又結合光學顯微鏡并利用激光光作為光源，以達到特殊觀察需求的有共聚焦顯微鏡（又譯作共軛焦顯微鏡）。

電子顯微鏡